Op 18 februari 1887 richtten baron Auguste de Maere-Limnander en enkele medestanders het "Comité du château des comtes" op, een  feitelijke vereniging, die zich tot doel stelde zoveel mogelijk aspecten van het Gentse gravensteen (geschiedenis, bouwkundige aspecten, restauratie) te bestuderen en bij een breder publiek bekend te maken. Tot de bestuursleden behoorden graaf Thierry de Limburg-Stirum, August Wagener (ondervoorzitters), Arthur Ver­haegen en Paul Fredericq (secretarissen) en Ferdinand Van der Haeghen (bibliothecaris). Andere bestuursleden van het eerste uur waren Hermann van Duyse en Julius Vuylsteke.

Vanaf omstreeks 1890 leek de taak van het "Comité" zowat vol­bracht. Het Gravensteen was voor vernietiging behoed en de res­tauratie ervan was een vaststaande zaak geworden. Veel meer dan enig toezicht houden op de restauratiewerken scheen er voor het "Comité" niet meer in te zitten. Auguste de Maere stelde toen voor, naar analogie met wat reeds voordien in Brugge en Sint-Niklaas was gebeurd, om ook in Gent een Geschied- en oudheid­kundige kring op te richten. Verschillende leden van het "Comité", waaronder de Maere zelf waren overigens lid van de Brugse "Emula­tie". Op 11 maart 1893 ging de oprichtingsvergadering van de Gentse geschiedkundige kring in huize de Maere door. De statuten van de vereniging, opgesteld door het Gravensteencomité op 18 februari 1893 werden er aangenomen. Artikel 1 bepaalt dat :

 "De kring wijdt zich aan de studie der geschied- en oudheid­kundige vraagstukken, die de stad Gent en Vlaanderen betreffen. Zijn doel is de verspreiding der kennis van al hetgene daarmede in verband staat, en zoo noodig tot de bewaring en herstelling van de gebou­wen der stad, die eene geschied- of oudheidkundige waarde bezit­ten, alsook tot de bewaring van alle voorwerpen die uit een oud­heidkundig oogpunt verdienste hebben, mede te wer­ken."

In deze omschrijving valt de band met de motivatie achter het Gravensteencomité nog erg sterk op. Gaandeweg zou ze echter aan belang inboeten, naarmate de bescherming van de Gentse monumenten een zaak van de gemeenschap en dus van het stadsbestuur zelf werd, was een drukkingsgroep minder functioneel.

De vereniging evolueerde dan ook gaandeweg naar een geleerd ge­nootschap dat door het regelmatig uitbrengen van publicaties en het organiseren van lezingen en geleide bezoeken meer en meer de klemtoon ging leggen op het eerste luik van haar opdracht, zoals in bovenstaand art. 1 van de statuten van 1893 onder woorden was gebracht. Van bij de oprichting van de "Geschied- en oudheid­kundige kring te Gent" was de band met de historische sectie van de Gentse Rijksuniversiteit erg nauw. Naast de Maere die voorzit­ter bleef, werden van bij de oprichting twee jonge hoogleraren uit de historische sectie, Adolf De Ceuleneer en Henri Pirenne, secre­taris.  Toch bleef de kring onder het voorzitterschap van de Maere (1893-1900) een gemengd genootschap van professionele historici en liefhebbers. De nieuwe statuten die in 1897 werden aangenomen getuigen van het intense leven binnenin het genootschap : er werden onder meer drie afdelingen (met elk een apart bestuur) opgericht, met name geschiedenis, oudheidkunde en schone kunsten. Ook de naam werd aangepast, de kring ging voortaan als "Maatschap­pij van Geschied- en Oudheidkunde te Gent" door het leven. Van bij de aanvang werd geijverd voor het vinden van een eigen lokaal en het uitbouwen van een eigen bibliotheek (die spoedig bij de Uni­versiteitsbibliotheek een onderkomen zou vinden, momenteel bestaat een gelijkaardige regeling met het Stadsarchief). Een hoogtepunt in de activiteiten in deze periode was de organisatie, in 1896, van het  11e congres van de "Fédération archéologique et histori­que de Belgique", in aanwezigheid van talrijke binnen- en buiten­landse prominenten.

Het zwaartepunt van de activiteiten lag evenwel onmiskenbaar bij de publicaties en voordrachten. Vanaf 1894 gaf het genootschap een "Bulletin du cercle historique et archéologique de Gand" / "Bul­letijn van den Geschied- en Oudheidkundigen Kring van Gent" uit. Er zouden in totaal tot in 1939 47 afleveringen van verschijnen. Het bulletijn had de bedoeling de leden regelmatig over het leven van de vereniging in te lichten, het bevatte de verslagen van de be­stuurs- en ledenver­gaderingen, de discussies over de voordrach­ten en aanvankelijk samenvattingen, gaandeweg ook volledige teks­ten van de voordrach­ten, tot zelfs bronnenpublicaties toe. Daar­naast ging in 1894 eveneens een tweede reeks de "Annales du cercle historique et archéologique de Gand" / "Handelingen van den Ge­schied- en Oud­heidkundigen Kring van Gent" van start. Hiervan zouden tot in 1923 17 afleveringen verschijnen. Vanaf 1897 bracht de vereniging ook een "Inventaire archéologique" uit, een geïllus­treerde catalogus van de plaatselijke archeologie, waarmee het genootschap grote bekendheid zou verwerven en zelfs tot in het buitenland navolging vinden. Eveneens kort na haar oprichting begon de Maatschappij ook met een reeks aparte publica­ties (bron­nenuitgaven, repertoria, bibliogra­fieën en monografieën). De eerste in de reeks (toen "publication ex­traor­dinaire" genaamd) was de uitgave door Henri Pirenne van een ver­halende bron, een Franstalige Rijmkroniek over de Gentse opstand van 1379-1385. Ze verscheen in 1902. De reeks staat momenteel bekend als de "Verhande­lingen der Maatschappij voor Geschiedenis en Oud­heidkunde te Gent". Als laatste deel verscheen in 2009 nummer 33, de geschiedenis van de Gentse rechtsfaculteit tot aan Wereldoorlog II door Liesbet Vandensteen. Naar aanleiding van haar hon­derdjarig bestaan in 1993 publiceerde de Maatschap­pij een Verhandeling over haar geschiedenis (door M. Berckmoes) en indices op al haar publi­caties tot 1990 (door M. Struyfs).

Diende de Maatschappij, omwille van ernstige financiële moeilijk­he­den, de publicatie van de Handelingen in 1923 stop te zetten, dan betekende de oorlogsdreiging ook het eind voor het Bulletijn.

Vooraleer het echter zover was had de Maatschappij onder het voorzitterschap van kannunik Gabriel Van den Gheyn (1901-1953) een eerste bloeiperiode gekend. In 1907 en 1913 organiseerde ze in Gent de congressen van de "Fédération historique et archéologique de Belgique". Tijdens wereldoorlog I werden de activiteiten van de Maatschappij beperkt tot het houden van lezingen, na de oorlog manifesteerde de vereniging, met het nationale symbool Henri Pirenne in het bestuur, zich erg nadrukkelijk als vader­landslievende vereniging (enkele leden die zich te nadrukkelijk met Duitse politiek inzake de vernederlandsing van de Rijksuniver­siteit hadden ingelaten, werden uitgesloten ; het genootschap kwam ook actief tussen in het oprichten van herdenkingsmonumenten). Tijdens het inter­bellum greep een verjonging van het bestuur plaats. De banden met de rijksuniversiteit werden nog nauwer toen in 1935 Hans Van Wer­veke ondervoorzitter werd. In volle wereldoor­log II, in 1942,  werd bovendien Jan Dhondt secretaris.

Na de Tweede Wereldoorlog onderging de Maatschappij voor Ge­schiedenis en Oudheidkunde te Gent enkele grondige wijzigingen, ze werd overwegend nederlandstalig (voordien bestond een taalvrijheid inzake publicaties en voordrachten), het bestuur werd aangevuld en bestond nagenoeg uitsluitend uit professionele historici en kunst­historici, de actieve betrokkenheid bij het beleid ten aanzien van de monumenten van de stad Gent (die van cruciaal belang was ge­weest bij de oprichting) werd opgegeven, de uitgaven en de voor­drachten beheersten nog meer dan voordien het leven van de ver­eniging. Toch bleef de "Maatschappij", die in de voorbije decennia een reputatie had opgebouwd in het sociale leven van de stad Gent, de meerderheid van haar leden recruteren uit geïnteresseerden in locale geschiedenis, die geen academische vakopleiding achter de rug hadden. Wat ze tot op de dag van van­daag nog steeds doet. Wat de uitgaven betreft : de beide reeksen "Bulletijn" en "Hande­lingen" die tot in het interbellum naast elkaar bestonden, werden na de Tweede Wereldoorlog vervangen door een enkele reeks "Han­delingen der Maatschappij voor Geschiedenis en Oudheidkunde te Gent, nieuwe reeks" waarvan deel 1 reeds in 1944 verscheen, tot in 2009 verscheen deel 63 in deze reeks. Door haar nauwe band met de Gentse historische school (Hans van Werveke was voorzitter van 1953 tot 1974, tot kort voor de viering van 1993 nam de Gentse archeoloog Siegfried J. De Laet de functie waar, waarna de mediëvist em. prof. dr. Raoul Van Caenegem de functie bekleedde) werden de Handelingen een instrument om de eerste publica­ties van verdienstelijke studenten (voor zover ze Gent of het oude graafschap Vlaanderen betreffen) mogelijk te maken. Vele vermaarde historici debuteerden in het tijdschrift, dat evenwel steeds ook openstaat voor bijdragen van leden amateur-historici. Aan de reeks voordrachten kwam in 1976 een einde. In de plaats kwamen regel­matige bezoeken door de leden aan weinig toe­gankelijke of in privé-bezit verkerende Gentse monumenten.

De "Maatschappij" was van bij de oprichting ook nauw verbonden bij de werking van het "Oostvlaams verbond van de Kringen voor Ge­schiedenis", zowel Hans Van Werveke als Siegfried De Laet waren voorzitter van het Verbond. Hilde De Ridder-Symoens, lange tijd secretaris en penningmeester van de Maatschappij, was er geruime tijd ook secretaris van. Inzake samenstelling van het bestuur werd en wordt ook naar een actieve inbreng vanuit de stedelijke cultuuradministratie gezocht. Stadsarchivaris Johan Decavele en stadsarcheoloog Marie Christine Laleman traden aldus tot het bestuur toe.   

De band met de Gentse historische school en met de stedelijke administratie blijft dan ook tot vandaag behouden: huidig voorzitter (sinds 2007) is prof. dr. Marc Boone, secretaris prof. dr. Anne-Laure Van Bruaene, verder is het bestuur samengesteld uit Marie Christine Laleman (stadsarcheologe) en Leen Charles (stadsarchivaris), bijgestaan door dr. Jelle Haemers (redactiesecretaris), prof. dr. Gita Deneckere en prof. dr. Joost Van der Auwera (kunsthistoricus). De Maatschappij is om te beantwoorden aan de regelgeving van de Vlaamse regering in 2007 een v.z.w. geworden. Haar actieterrein concentreert zich nog steeds op het uitgeven van Handelingen en Verhandelingen. Verder is ze actief lid van het Oostvlaams Verbond van de Kringen voor geschiedenis en is ze, op aangeven van de Vlaamse administratie, actief betrokken bij het opstarten van gemeenschappelijke initiatieven met haar Brugse zustervereniging, het genootschap voor Geschiedenis, gekend als de Emulatie.

Het bestuur vergadert sinds jaar en dag in de gastvrije lokalen van het stadsarchief, jarenlang in de Berg van Barmhartigheid (Abrahamstraat) sinds kort ook in de Zwarte Doos op de Arbedsite in Gentbrugge. Daar berust ook het archief van de MGOG.